可以从生殖器到肛门的距离上来区分琥珀仓鼠的公母。一般情况下母仓鼠从生殖器到肛门的距离比公仓鼠的距离较近。

从屁股也能判断琥珀仓鼠的公母。公的琥珀仓鼠仓鼠的屁股较为红肿，母的琥珀仓鼠屁股较为扁平。

也可通过观察香腺来判断琥珀仓鼠的公母。一般公的琥珀仓鼠左侧腹部上有一条香腺这是公仓鼠独有的，母仓鼠身体上没有香腺。