日本飞鼠本身的体味不大，但是它的排泄物比较臭，而且还容易把排泄物弄到自己身上，时间长了味道就比较大。在饲养的时候，一定要注意定期清理除臭，可以购买专用的宠物除臭剂。

最主要的清理部位，就是日本飞鼠尿尿的地方，在肚子上，每天用温毛巾擦拭可以缓解臭味。在饮食方面，可以多给日本飞鼠喂食新鲜的松树叶、柳树叶，这样它排泄物的味道就会变淡一些。

想要日本飞鼠不变臭，还可以给它准备浴沙，它们会自己清洁自己。尽量不要用水清洗，容易使它们受到惊吓。日本飞鼠容易暴毙，突然死亡的可能性高，所以尽量不要让它们受到刺激。