想要清理鱼缸中堆积的粪便清理，最简单的方法就是通过虹吸法来过滤，过滤系统将会在鱼缸内形成水流，将水底的粪便污渍吸走。如果过滤的效果不强，可以换一个功率更大的过滤器。

人工清洗是最直接的办法，一般在鱼缸换水的时候使用，当鱼缸的水被抽掉时，也可以顺便把水底的污渍粪便一起抽掉，直接用手清理鱼缸也可以，粪便清理完后加入新水即可。

在水中养清道夫也可以有效清理粪便，清道夫以污物为食，把它们投放在鱼缸中，无论是粪便还是饲料残渣，它们都可以吃掉。虽然清道夫又会产生新的排泄物，但是粪便数量还是会有效减少。