清理鱼缸里的绿藻的最直接有效方法就是用鱼缸刷清洗鱼缸，使用除藻剂也是消除绿藻的处理方法，不过用绿藻剂的方法会对生态系统造成一定破坏。

鱼缸老是长绿藻，有可能是光线不均匀、阳光直射造成的，主人需要减少鱼缸的光照时间，并且日常生活中要勤换水。当鱼缸里的鱼数量多了也会造成绿藻繁殖速度快，可以适当的减少鱼的数量。

当鱼缸中的绿藻繁殖速度比较快时，如果主人要想快速清理掉绿藻，那么建议在绿藻生长成一定规模前就先清理掉，一旦绿藻进行了大量繁殖，再想清理就会麻烦很多。