巴西龟在生蛋之后，饲养者需要从中挑选出受精成功的蛋来孵化。成功受精的蛋壳表面会光滑许多，而未受精的蛋表面则是粗糙的。此外受精的蛋黄会下沉，而没有受精的蛋黄会居中。

饲养者可以准备一个孵化盆，使用木盆或是木箱均可。在盆子里铺上5厘米左右后的沙土后放入龟蛋，并将其盖住，放置于25～35℃的环境中，等待孵化即可，通常两个月变可孵出小巴西龟。

没有受精的龟蛋不仅无法孵化出幼龟，反而还会出现腐烂、生菌等现象，会影响到健康的龟蛋。因此饲养者不要将未受精的蛋和受精的蛋放在一起，而是应该将它们隔开。