鳄龟的公母之间有明显的体型差异，公龟体型更为壮实，并且整体厚重，母龟的体型偏瘦小。公龟的舌头红色较浅，背部刺花纹粗糙，母龟的舌头呈深红色，背部纹理清晰，而且公龟的成熟周期要比母龟更短。

鳄龟在生长的过程中，身体上的特征就会变得尤为明显，可以根据它的腹甲凹陷程度来判断出它是公龟还是母龟，母龟的腹甲相对于公龟的腹甲更加光滑且平坦一些，公龟的腹甲会有轻微的凹陷现象。