首先可以从体型上来区分星点龙鱼的性别，一般情况下公的星点龙鱼体型比母的星点龙鱼体型要长，且个头也较大。

其次从腹鳍上看，公的星点龙鱼腹鳍较长，鳃部较为短小，母星点龙鱼腹鳍与公鱼相比略微短小，怀孕时腹部会不断增大。

从头部上来看，母的星点龙鱼头部更为短小，由于公鱼要含鱼卵，所以头部稍大一些。其次从喂食量上看，公的星点龙鱼食量比母鱼略大一些。