摩鹿加凤头鹦鹉栖息于海拔100-1200m之间，超过海拔900m就很少有其踪迹，常栖息于开阔的林地、红树林、沼泽区、溪河边的森林区等地。

通常单只、成对或集小群活动，偶尔大批聚集时约有16只，但由于数量严重下滑，这种景象已不常见到，在早晨离开栖树与傍晚返回栖树时会发出响亮的鸣叫。主要食用坚果、椰果、种子、浆果、昆虫等。