密西西比麝香龟的繁殖方式为卵生，在水温22-26℃，体重90-195克的成熟亲龟便进行交配。交配在水中进行、雄龟追逐雌龟几分钟后，待雌龟稍停，雄他从其后面迅速爬上雌后背，用前肢抱抓雌龟背部，并疼交接器送入雌龟泄殖孔内，雄龟伸长脖颈，有时随雌龟在水底爬动。

麝香龟会在腐烂的原木或枯叶下的水边挖浅窝，有时雌龟每年会筑巢2次或更多次。有时雌雄一起筑巢。在水下交配，然后雌龟在2-6月产下1-9个卵。幼体在60-84天后孵化。