艾氏拟水龟与黄喉拟水龟很相近，二者的区别在于：艾氏拟水龟的腹甲后半较黄喉拟水龟者宽;前者的腹甲有黑褐色马蹄形斑纹，其两侧枝有时断续而不完整，后者的腹甲从无斑到全为黑褐色，更多的是每一盾片上有一黑褐色大斑点，但绝不呈马蹄形。

艾氏拟水龟腹甲前缘较圆出，而黄喉拟水龟腹甲前缘凸出;艾氏拟水龟的喉盾沟与肛盾沟均较长，分别占腹甲长的13.1%以及12.5%以上，而黄喉拟水龟者较短，分别仅占腹甲长的7.4%--10.8%及8.8%--11.5%。