三趾箱龟是卵生，雄龟与雌龟平常最好分开饲养，到交配时才放在一起1-2星期。终年养在一起，雌龟会受到雄龟较大的交配压力，比较容易产下未受精卵，长期下来可能导致雌龟停止产卵或受迫死亡。如果饲养空间够大，雌雄龟不会天天碰面的话，还是可以养在一起。只要提供产卵的土堆，雌龟 就会挖洞产卵，每窝下3-5颗蛋。在30°C时约60-75天可孵化。孵化期比较短也比较容易孵化。

确定雌龟产卵完毕后小心的将蛋挖出置于孵蛋盒内，孵蛋的底材可以使用蛭石加少许的水，可以用爬虫专用的孵蛋器或自制孵蛋器，现在市面上也有一种比较经济实用的孵蛋器，效果都不错。三趾的孵化环境并不严苛，原则上温度设定在摄氏29~30度，湿度设定在80%~90%都可以接受。