要清除鱼缸里的蛋白虫，最好是全面对养鱼设备进行清理，鱼缸、过滤设备是清理重点，可以将过滤棉换新，或者是用开水烫滤槽，此外还可以将所有的过滤设备都用高锰酸钾消一遍毒，也能够起到消灭蛋白虫的作用。

鱼缸里面出现蛋白虫，多半是因为鱼缸水太肥了，通常是喂食太过频繁导致的，可以适当减少喂食量和频率，并经常清洗过滤设备，并适当减少养鱼的密度，能够避免出现蛋白虫的情况。

适时用药物清理蛋白虫，效果会更好，可以用肠虫清、敌百虫来进行治理，能够非常有效的杀死蛋白虫以及虫卵，用量根据说明书来，以免对鱼儿造成影响。

还有一种方法更有效而且能够完全杜绝蛋白虫的影响，那就是养一种能够以蛋白虫为食的鱼类，最好是小型鱼，常见的有曼龙鱼、菠萝鱼等，但饲养前要注意这些鱼能不能鱼缸里的鱼混养。