巨头麝香龟会蜕皮，在乌龟成长的过程中，它会因为体型的增长而出现蜕皮的现象，​而且在蜕皮期间，它的背甲也会出现脱去一层。

乌龟在蜕皮期间，最好保持缸内的清洁，同时要将乌龟脱下来的死皮进行清理，并且在乌龟蜕皮的时候，尽量不要用手去帮它撕下来。​

乌龟蜕皮处如果发现有腐烂的现象，​最好在水里加一点抗生素并增加换水的频率，如果比较严重，最好将乌龟捞出来干养。